We had already executed the project, before John called.
I had vacuumed a carpet before Jane came from school.
Действия, описываемые глаголом в Past Perfect, предшевствуют действиям Past Simple!
По переводу можно понять, какое из двух действий произошло ранее, то и будет употребляться в перфекте, а второе действие в обычном простом прошлом времени)