В данном случае правильно будет "прийти ИЗ школы". Когда я училась в школе, нам объясняли так: если ты говоришь "я иду В ... театр, школу, магазин и так далее", то приходишь ты ИЗ театра, школы, магазина. А если ты идёшь НА стадион, концерт, площадь, то и приходишь ты Со стадиона, с концерта, с площади.
То есть простое правило: В-ИЗ, НА-С(Со).