Гидроэлектростанции хоть практически не совершают выбросов в атмосферу, но вдвойне больший вред наносят водным компонентам природы (озёра, реки и т.д.). В первую очередь страдают рыбы, у них нарушается миграция, что может привести к серьезному урону местной экосистемы. Может произойти затопление территории.