Государство общей площадью 377,4 тыс. кв. км, находится в Восточной Азии, расположено на 4 крупных островах (Кюсю, Сикоку, Хонсю и Хоккайдо) , островах Рюкю и более чем 4 тыс. мелких островов. На севере омывается Охотским морем, на востоке – Тихим океаном, на юге – Тихим океаном и Восточно-Китайским морем, на западе – Корейским проливом и Японским морем.
Рельеф страны преимущественно гористый, достаточно сильно расчлененный. Многочисленны действующие и потухшие вулканы, в том числе высшая точка Японии — вулкан Фудзияма (3776 м) . Береговая линия изрезана многочисленными бухтами и заливами. Часты землетрясения.