За годы боярского правления в государстве ослабла центральная власть, усилились бесконтрольность кормленщиков. Летом 1547 года на почве недовольства народом правящими группировками, произошло Московское восстание, в результате были разворованы усадьбы Глинских. Но у боярского правления были и положительные последствия, например, губная реформа. По ней от наместников к специально выбранным представителям местных дворян передавали данные о разбоях и воровстве. Это было сильным шагом к реорганизации управления на сословно-представительных началах.
В общих чертах итоги боярского правления носили все же негативный характер. Оно привело к усилению социальных противоречий и ослаблению международных позиций Русского государства. Казанское ханство заняло враждебную позицию по отношению к Русскому государству, отношения со странами Европы застыли на месте.В 1533г. после смерти Василия III Великим князем Московским стал его трехлетний сын Иван VI, регентшей при нем состояла его мать Елена Глинская. Современники считали ее женщиной умной и решительной. Но годы ее правления не были ни легкими, ни мирными: в отсутствии взрослого князя нашлось слишком много желающих занять его место как со стороны родственников Василия III, так и Глинских. Отражая выступления феодальной власти, лавируя между различными группировками феодалов, правительство Елены Глинской продолжало вести курс на укрепление великокняжеской власти. Оно ограничивало податные и судебные льготы церкви, ставило под свой контроль рост монастырского земледелия, запретило покупать земли у служилых дворян. В 1535г. для упорядочения финансовой системы была проведена денежная реформа, в результате которой был устранен разнобой между существовавшими тогда московскими и новгородскими денежными системами. В период правления Елены Глинской началась реформа управления на местах. Вводились “губные” (губа-административный округ) грамоты. Кроме того, правительство Елены Глинской проводит мероприятия по укреплению армии, строительству новых и реорганизации старых крепостей. Правление Елены Глинской проходило в непрерывных мятежах различных княжеско-боярских группировок. Но она крепко держала власть в своих руках и была твердо намерена сохранить ее для своих сыновей. Однако в 1538г. в возрасте 30 лет, она умирает. Ее старший сын Иван, впоследствии царь Иван Грозный, до конца дней своих был уверен, что его мать отравили бояре. После смерти Елены Глинской в 1538г. власть переходит к боярской группировке Шуйских, которые, едва придя к власти, начали активно расширять свои вотчиские владения.