Байкальская вода, не смотря на сложную экологическую ситуацию региона, остается на сегодняшний день самой чистой в мире. В ней очень мало растворенных минеральных веществ, органики и много кислорода. По своему составу она является практически дистиллированной. Это единственный водоем на планете, из которого сегодня можно пить воду без очистки и кипячения.
Вода настолько прозрачна, что весной, когда растительность озера еще не пробудилась, дно хорошо, как сквозь стекло, видно на глубине 40 м.
Своей чистотой озеро обязано микроскопическому рачку – байкальской эпишуре. Максимальный размер 1 рачка не более 1,5 мм, они – эндемики, обитают исключительно в водах Байкала. Являются важнейшей составляющей экосистемы озера. За год до 10 раз пропускают всю гигантскую массу озерной воды через себя, фильтруя и очищая ее.
Температура воды в озере колеблется от 0 до +20 градусов.
В самом озере обитает более 2600 видов растений и животных, почти все являются эндемиками, т.е. не встречаются больше нигде в мире — нерпа, омуль, голомянка, байкальский осетр, сиг, хариус, желтокрылка и прочие.