Ведущей отраслью экономики в России оставалось земледелие. Неотъемлемой частью хозяйства являлось скотоводство. Охотничьи и рыболовные промыслы сохраняли существенную роль в хозяйстве населения крайнего севера и северо-востока.
В этот период земледелие сделало некоторые успехи. Увеличилось количество земледельческих районов. Хлеб начали возделывать в северной, приморской части Новгородской области и во вновь присоединённых районах (Поволжье, Урал). Неземледельческими районами оставались крайний север, северо-восток и ещё не освоенные районы южнее Орла, Новосиля, верховьев Дона.
В более широких размерах утверждается трёхполье, которое в то время господствует в центральных и западных районах государства. В связи с распространением трёхполья стало шире применяться удобрение почвы. Наряду с паровой системой земледелия продолжала существовать, особенно в степных районах, и система переложная. На севере широко применялась также подсека. Урожайность в XVI в. была невелика (в среднем сам-три) и неустойчива.
С конца XV в. хлеб становится заметным товаром на внутреннем рынке. Главным его потребителем было городское население. Одновременно предъявляло в больших размерах спрос на хлеб и население малохлебных или бесхлебных районов. В связи с растущим спросом на хлеб происходит увеличение его производства. Хлеб на рынок поставляли землевладельцы, в частности монастыри, а также крестьяне.
Продавать хлеб крестьян побуждала зачастую нужда в деньгах для уплаты государственных податей и помещичьих денежных оброков. Однако дальнейшему развитию рыночных связей крестьянского хозяйства серьёзно препятствовало усиление феодальной эксплуатации, в первую очередь рост барщины.