1. Эукариоты имеют ДНК в форме двойной спирали
2. Эукариоты имеют усложненное строение: кроме вакуоли и митохондрий есть другие пластиды* - лейкопласты, хромопласты, в некоторых - хлоропласты, а также присутствует ядро (см. "ядерные одноклеточные")
3. В ядрах эукариот присутствует дополнительный органоид - ядрышко.
4. Вследствие строения ДНК эукариоты сложнее делятся.
5. В среднем больше прокариот размерами.
6. Гораздо шире распространены, чем прокариоты.