Годунов в отличие от Ивана Грозного отказался от политики устрашения своих подданных и массовых казней, но со своими врагами он не церемонился. Так, к 1600 году по ложному обвинению были арестованы братья Романовы, двоюродные братья царя Федора, которые могли бы предъявить претензии на трон.
1601-1603 г. были неурожайными. Страну охватил голод. Цены на хлеб резко подскочили, он стал недоступным для большинства населения. Царь распорядился открыть государственные амбары и бесплатно выдавать хлеб. Услышав об этом, в Москву хлынули толпы голодного народа. Но хлеба на всех не хватало. С осени 1601 г. начались народные волнения. Особенно большие неприятности приносил отряд под предводительством Хлопко, действовавший недалеко от Москвы. Чтобы успокоить народ царь Борис восстановил Юрьев день и отменил сыск беглых крестьян. Но это уже не могло остановить нараставшее с каждым днем недовольство новым царем. Ему припомнили все: и "убийство" невинного царевича Дмитрия, и захват царской власти, и татарское происхождение. Подняли голову и бояре, питавшие давнюю ненависть к безродному "выскочке".