С первой женой развелся, в частности, из-за её бездетности. Имел одного единственного законнорожденного сына (от второй жены):
Наполеон II Бонапарт (1811—1832)
Приёмные дети
(дети Жозефины де Богарне от 1-го брака)Евгений де Богарне (1781—1824), герцог ЛейхтенбергскийГортензия де Богарне (1783—1837), герцогиня де Сен-Ле, королева Голландии(двоюродная племянница 1-го мужа Жозефины де Богарне)Стефания де Богарне (Stéphanie de Beauharnais) (1789—1860), великая герцогиня Баденская
Всего у Наполеона по подсчетам разных историков было от 20 до 50 любовниц[1][2], от которых он имел следующее потомство:
Элеонора Денюель де Ла Пленье (en) (ум. 1868)Шарль Леон (en) (1806—1881)Мария Лончинская, графиня Валевская(1786—1817)Александр Валевский (1810—1868)Альбина де Монтолон (en) (1779—1848)Жозефина Наполеоне де Монтолон (en) (1818—1819) (предположительно)Victoria KrausKarl Eugin von Mühlfeld (предположительно)неизвестнаяJules Barthélemy-Saint-Hilaire