Если просят утвердительный ответ, то нужно начать с YES и обязательно поставить запятую. Если спрашивают про локацию, тогда получается "где?" И надо поставить THERE. И если спрашивается если множественное число нужно ARE.
Получается : Yes, there are. или
Yes, there are cups on the table.