Wish используется, когда речь идет о желаниях, как правило, нереальных. Предложения с wish нужны для выражения сожаления, разочарования, грусти, когда что-то столь желаемое не получается или не получилось ранее. Либо когда хотим показать, что что-то совсем не такое, как мы ожидали или как нам хотелось бы.
"Я хотел бы, чтобы это было так"(но это не так).
"Жаль, что что-то не получилось"
Если речь идет о настоящем времени, то после wish употребляется глагол в Past Simple.
В вашем случае можно сказать так - My boss says "I wish I were late for work" - Мой бос сказал "Жаль, что я не опоздал на работу"