Это процесс активного захватывания и поглощения живых организмов (бактерий, грибков и т. д.) и неживых частиц одноклеточными организмами или особыми клетками макроорганизма — фагоцитами. Процесс захвата и поглощения жидких частиц называется пиноцитозом. У высших животных и у человека способностью к фагоцитозу обладают зернистые лейкоциты, клеткиретикулоэндотелиальной системы и макрофаги.
Фагоцитоз протекает в две стадии: 1) адсорбция частицы на поверхности макрофага, 2) собственно проникновение частицы в клетку. Поглощенная частица, как правило, растворяется или переваривается, однако некоторые виды патогенных микроорганизмов способны длительное время существовать в теле макрофага (эндоцитобиоз).