Главная река Краснодарского края — Кубань, принимающая слева много притоков (Уруп, Лаба, Белая и др.) . Её именем часто именуют и весь край, называя его просто Кубань. Наибольшая из рек Черноморского побережья — Мзымта.
Для регулирования стока реки Кубань сооружены водохранилища — Тшикское, Шапсугское и Краснодарское. На территории края расположено много мелких карстовых озёр, на полуострове Тамань и побережье Азовского моря — озёра-лиманы. На территории Краснодарского края находится самое большое озеро Северного Кавказа — Абрау.