Алматинский заповедник впервые был организован в 1931 году в Мало-Алматинском ущелье на площади 13 тыс. га. В 1935 году его территория составляла 600 тыс. га, ему был присвоен статус государственного. В 1940 году площадь заповедника достигла около 1 мл. га.
Вторично госзаповедник был организован в 1961 году в Чиликском и Кегенском районах Алматинской области на площади 128 тыс.га. Директором заповедника был назначен Герой соцтруда Жунусов Х. Ж. В 1964 году заповеднику была отведена новая площадь на землях Тургенского и Талгарского лесхозов. В 1966 году к нему был присоединен полупустынный участок Калканы на территории Кербулакского района, площадью 17850 га, который в 1983 году был изъят под Капчагайское охотничье-заповедное хозяйство.
В настоящее время Алматинский государственный природный заповедник расположен в юго-западной части Талгарского района Алматинской области в центральной части хребта Заилийский Алатау. Центральная усадьба заповедника находится в г.Талгар, в микрорайоне Акку (Лебединка).
Общая площадь заповедника составляет 71700 га. Протяженность с севера на юг 31 км, с запада на восток – 34 км. Самый высокий пик хребта – пик Талгар – вознесся на 4978,8 метров над уровнем моря. Высокогорную часть территории занимает Талгарский горный узел оледенения, с которого берут начало реки Талгар, Есик, Шилик, снабжающие питьевой водой население региона. Природа заповедника уникальна по разнообразию горных ландшафтов – здесь наблюдается лугово-степная зона (1400 – 2600 м). Лиственные леса расположены на северных склонах с 1200 до 1600 м. С 1600 до 2800 метров доминирует ель Шренка, альпийская и субальпийская зоны располагаются на высотах 2600 – 3200 м, гляциально-нивальная зона располагается выше 3200 метров над уровнем моря. В заповеднике встречается 960 видов высших сосудистых растений, относящихся к 415 родам и 85 семействам. Из них 13 видов древесных пород, 63 – кустарников, 3 – лиан, 79 – однолетних, 50 – двулетних и 712 видов многолетних растений. Животный мир включает 177 видов птиц. В Красную книгу Казахстана внесены 9 видов, среди них шахин и серпоклюв, встречающиеся только в заповеднике, а также беркут, бородач-ягнятник, кумай и др. Здесь обитают 39 видов млекопитающих – марал, косуля, кабан, волк и другие, из них в Красную книгу внесены 4 вида – снежный барс, тянь-шаньский бурый медведь, каменная куница, туркестанская рысь. Есть 5 видов пресмыкающихся – щитомордник, узорчатый полоз, алайский гологлаз и другие. Из земноводных 1 вид – жаба зеленая. Главная задача заповедника – сохранение и изучение природного комплекса Заилийского Алатау и экологическое просвещение местного населения.
Научно- исследовательская деятельность
В отделе науки, информации и мониторинга по штатному расписанию 5 сотрудников: начальник отдела, 2 старших научных сотрудника, 1 младший научный сотрудник, 1 лаборант. Общее руководство отделом осуществляет заместитель директора по науке. Работа в отделе ведется по плану научно-исследовательских работ. На территории заповедника в ущелье Правый Талгар расположена научная база, где сотрудники в период полевых работ проживают и проводят стационарные научные исследования. В настоящее время проводятся научно-исследовательские работы по 3 темам.
Существенное значение для сохранения и познания природных комплексов заповедника имеет сбор материала по программе «Летопись природы» (мониторинг). Эта работа регулярно проводится научными сотрудниками и госинспекторами отдела охраны.
Мониторинг проводится по следующим разделам: «Млекопитающие», «Растения», «Птицы», «Земноводные и пресмыкающиеся», «Погода», «Календарь природы», «Гидрология».
Силами научных сотрудников ежегодно проводится учет численности птиц и зверей. По результатам научно-исследовательских работ публикуются научные статьи, пишутся научно-популярные заметки. Сотрудники отдела принимают активные участие в охране животного и растительного мира. При заповеднике создан научно-технический совет (НТС), на котором рассматриваются вопросы производственной, научной и культурно-просветительской деятельности.
В заповеднике разработано 3 пеших экологических тропы, общая протяженность которых 2,6 км. Экологические тропы используются для проведения учебно–просветительских и научно–познавательных экскурсий.