Животноподобные простейшие в большинстве своём одноклеточные, подвижные, питающиеся при помощи фагоцитоза (хотя есть и исключения) . Обычно они имеют размеры всего 0,01—0,5 мм, как правило слишком малы для наблюдений без микроскопа. Они повсеместно распространены в водяных средах и почвах, обычно переживают сухие периоды в форме цист или спор. Именно к этому типу относятся некоторые общеизвестные паразиты. Простейшие делятся на группы по способам перемещения:
Саркомастигофоры — способны к передвижению с помощью жгутиков или псевдоподий (ложноножек) , иногда оба способа используются совместно. Условно разделяют на две подгруппы — Жгутиковые и Саркодовые. К жгутиковым традиционно относили и многих фотосинтезирующих протистов (эвглену, хламидомонаду и др.) , которых ботаники уже тогда относили к разным отделам водорослей.
Инфузории (Ciliophora) — с большим количеством ресничек, например, инфузория Paramecium.
Споровики (Sporozoa) — неподвижные или двигающиеся за счет особого «скользящего» движения паразиты, имеющие особый аппарат проникновения в клетку — например, малярийный плазмодий (Plasmodium); многие способны к образованию спор.
Растениевидные водоросли используют световую энергию при помощи фотосинтеза. Сюда входят многие одноклеточные, которые также считаются простейшими, такие как эвглена и Paramecium bursaria, которые приобрели хлоропласты путём эндосимбиоза. Другие неподвижны и по-настоящему многоклеточны. Среди таких — зелёные и красные водоросли, которые выглядят близкими родственниками растений. Некоторые биологи относят их к царству растений вопреки их простой организации. Однако многие отделы — диатомовые водоросли, бурые водоросли, красные водоросли и др. — сильно отличаются от высших растений по составу фотосинтетических пигментов, строению хлоропластов и многим другим признакам.
Существуют также грибоподобные протисты: шламовые плесени, спорообразующие амёбы — миксомицеты, проводящие часть жизненного цикла собранными в многоклеточные плодовые тела, а также оомицеты и лабиринтулиды. Последние два типа сближают с бурыми, золотистыми и диатомовыми водорослями, формирующими группу, называемую гетероконты (heterokonts). Их можно рассматривать как отдельное царство Chromista, в таком случае оставшиеся протисты сформируют парафилетичное царство — простейшие (Protozoa).
Классификация протистов переживает период постоянных бурных изменений. За исключением ресничных и водяных грибков, традиционные группы полифилетичны и часто пересекаются. Новые критерии классификации, в том числе основанные на данных биохимии и генетики, позволяют выделить монофилетичные группы. Тем не менее, понимание эволюционных взаимоотношений между протистами начало проясняться только в последнее время, и положение многих групп по-прежнему неоднозначно.