Водные ресурсы. Через территорию области протекает несколько рек, среди них Урал, Самара, Тобол, Илек и Сакмара. При этом местные жители гордятся и озерной системой, особенно крупным озером Шалкар-Ега-Кара, которое является памятником природы на уровне региона.
Основные источники водоснабжения для области – это подземные воды. Испытывая антропогенное воздействие, качество воды постоянно ухудшается. Среди распространенных загрязнителей: нефтепродукты, фенолы, металлы (цинк, медь, железо), селен, бром и фтор.
Наиболее загрязненной рекой региона является приток Сакмары – река Блява. По причине соседства с индустриальными областями воды реки Урал на территорию области попадают уже с большим количеством вредных для биосистемы загрязняющих веществ.
Однако нельзя все беды списывать на тяжелую и добывающую промышленности, свой «вклад» в ухудшение качества вод делают фермерские хозяйства, сельхозпредприятия, поселки с плохой системой канализации.
Атмосферный воздух. Южноуральская горноперерабатывающая компания, Медногорский медно-серный комбинат, газоперерабатывающий и гелиевый заводы – перечень подобных объектов, функционирующих на территории Оренбуржья, может быть длинным, однако и его начала достаточно, чтобы представить, насколько в связи с такой промышленностью обостряется экологическая ситуация. Сильно загрязняют воздушный бассейн Каргалинская и Сакмарская ТЭЦ (их суммарная доля загрязнения более 7%).