Больная совесть у человека, который за всех переживает. Это о человеке чересчур совестливом, который переживает за других, за несправедливость, судьбу Родины и т.п. По крайней мере, это является официальным определением. Лично я считаю, что трактовать это можно по-разному. Я бы использовала данное выражение к человеку, совершавему много проступков.
Нечистая совесть у человека, который совершил/собирается совершить что-либо, что принсет ему выгоду, другим - нет. Т. е во вред окружающим или кто в этой ситуации будет пострадавшем.
Спокойную совесть имеет человек, за котором нет вины. Он не знает за собой никаких грехов (что, кстати, не значит, что это так).
Угрзения мучают совесть несчастного, совершившего что-либо, о чем сейчас жалеет, за что ему стыдно. Такой человек, в отличие от человека с нечистой совестью, вряд ли повторил бы такой поступок в следующий раз, имея опыт угрызения. Но тут все зависит от определенного человека и от ситуации.