Иван Фёдоров родился между 1510 и 1530 годами. Точных сведений о дате и месте его рождения (равно как и вообще о его роде) нет. Так или иначе, сам Фёдоров писал о Москве как о своём «отечестве и роде» и в переписке добавлял к своему имени «москвитинъ», даже когда уже жил в Великом княжестве Литовском.
Генеалогическая трактовка его типографского знака, тождественного с гербом белорусского шляхетского рода Рагоза, даёт основания предполагать о его связи с этим родом либо по происхождению, либо в результате приписки к гербу «Шренява» — в другом прочтении «Сренява» — так называемым «актом адаптации»; к этому гербу принадлежало несколько десятков белорусских, украинских и польских фамилий. По одной из версий, его род происходил из Петковичей (ныне Дзержинский район, Минская область, Беларусь). Существует гипотеза о его рождении на территории современного района Минской области.
Памятник первопечатнику Ивану Фёдорову в Театральном проезде в Москве
По версии Е. Л. Немировского, Иван Фёдоров учился в Краковском университете в 1529—1532 годах — в «промоционной книге» последнего есть запись о том, что в 1532 году степени бакалавра был удостоен некто «Johannes Theodori Moscus».
C 1530-х годов, по-видимому, принадлежал к окружению митрополита Макария[9]. Под началом Макария занял в Москве должностьдиакона в Кремлёвском храме Николы Гостунского.