Нет никакого сомнения, что схема образования слова "труженик" следующая: трудиться - (труженый) - труженик, просто форма "труженый" в языке отсутствует, хотя есть слово "натруженный" (две НН определяется наличием приставки НА). По такой же схеме образовано слово "мученик": мучить - мученый - мученик.
Суффикс ЕНИК (ЕН+ИК)- типичный составной суффикс, каких много в языке, например: торф - торфяник, суффикс ЯНИК (ЯН+ИК).
Но существует и суффикс ЕННИК (ЕНН+ИК): путешественник, предшественник. Две буквы НН определяются наличием суффикса ОВА в исходном глаголе: путешествовать, предшествовать.э