Слово подлинный исходит от старого слова длинник.
Это такие палки, которыми били людей, чтобы узнать у них правду.
Считалось, что под длинниками находится правда, поэтому в этом слове одна н относится к корню длин, а вторая является суффиксом. Пишется нн.