Під час великого посту 1653 року Никон оголосив проведення церковної реформи, що мала на меті уподібнення російської церкви іншим православним церквам. Йшлося про обрядові і літургійні відмінності, що сформувалися протягом кількох віків між православними церквами. Відмінності стосувалися кількості пальців, якими виконувалося хресне знамення, кількості разів вимови слова «алилуя» під час служби, напрямку руху процесії навколо святинь, кількості просфор при причащанні, написання імені Ісуса.
Підняте Никоном питання реформи знайшло повну підтримку царя Олексія, допомогу у перекладах богослужбової літератури надав київський монах Єпифаній Славинецький. 1654 року реформи були затверджені церковним собором, окрім обрядових особливостей постановлено було також привести у відповідність з візантійськими і богослужбову літературу.
Проте реформа знайшла супротивників і призвела до розколу церкви на прихильників реформи — «ніконіан» та супротивників — «старообрядців» або «розкольників», яких очолив Аввакум Петрович. Аввакум вважав, що старі російські книги краще відповідають православній вірі, тоді як Нікон керувався політичними мотивами — бажанням оволодіти Константинополем і служити у Святій Софії в співслужінні з Константинопольським Патріархом.
Владна підтримка ніконіанських реформ вирішила їх успіх. Прихильників старого обряду 1656 року було постановлено відлучати від церкви, а згодом і піддавати суворим карам. Так, був страчений митрополит Коломни Павел, ув'язнена і загинула від голоду бояриня Феодосія Морозова. Широко практикувалося спалення заживо вірних у зрубі, зокрема 1682 року такої участі зазнав і сам протопоп Аввакум. Переслідування старообрядців спонукало їх до втечі до глухих районів Московського царства або закордон