Один из основоположников научной анатомии, в основу которой им были положены сравнительно-анатомические исследования органов человека и человеческого зародыша, а также патологоанатомические вскрытия. Имя Евстахия носят открытая им "Евстахиева труба", соединяющая барабанную полость и носоглотку, и "Евстахиева заслонка" - полу лунный клапан нижней полой вены