Царь пошёл на уступки восставшим: было отменено взыскание недоимок и созван Земский собор для принятия нового Соборного Уложения. Впервые за долгое время Алексей Михайлович самостоятельно решал основные политические вопросы.
12 июня царь специальным указом отсрочил взимание недоимок и тем внёс некоторое успокоение в среду восставших. Видные бояре звали стрельцов себе на обеды с целью загладить бывшие конфликты. Выдав стрельцам двойное денежное и хлебное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены 3 июля. 22 октября 1648 года Морозов вернулся в Москву и вновь присоединился к правительству, однако столь большой роли в управлении государством он уже не играл.