Африка была колыбелью человечества. В 6-5-м тысячелетиях до н. э. в долине Нила складывается земледельческие культуры (Тасийская культура, Файюм, Меримде), на основе которой в 4-м тысячелетии до н. э. возникает древнейшая африканская цивилизация — Древний Египет. К югу от неё, также на Ниле, под её влиянием сформировалась керма-кушитская цивилизация, сменившаяся во 2-м тысячелетии до н. э. нубийской (Напата), расцвет которой пришёлся на период существованияМероитского царства (VI век до н. э. — IV век н. э.). На обломках последнего образовались государства Алоа, Мукурра, Набатейское царство и др., находившиеся под культурным и политическим влиянием Эфиопии, коптского Египта и Византии. На севере Эфиопского нагорья под влиянием южноаравийского Сабейского царствавозникла эфиопская цивилизация: в V веке до н. э. выходцами из Южной Аравии образовано Эфиопское царство, во II-XI веках н. э. существовало Аксумское царство, на основе которого складывается средневековая цивилизация христианской Эфиопии (XII-XVI век). Эти очаги цивилизации были окружены скотоводческими племенами ливийцев, а также предками современных кушито- и нилотоязычных народов.
Около 3000 лет назад началась масштабная обратная миграция Homo sapiens из Евразии в Африку — её вклад в современных африканских геномах составляет 4—7%, а неандертальский след в геномах современных африканских популяциях составляет 0,2—0,7%[1][2].На территории современной пустыни Сахары (бывшей тогда благоприятной для обитания саванной) к 4-му тысячелетию до н. э. складывается скотоводческо-земледельческое хозяйство. С середины 3-го тысячелетия до н. э., когда начинается высыхание Сахары, население Сахары отступает к югу, оттесняя местное население Тропической Африки. К середине 2-го тысячелетия до н. э. в Сахаре распространяется лошадь. На основе коневодства (с первых веков н. э. — такжеверблюдоводства) и оазисного земледелия в Сахаре складывается городская цивилизация (города Телги, Дебрис, Гарама), возникает ливийское письмо. На средиземноморском побережье Африки в XII-II веках до н. э. процветала финикийско-карфагенская цивилизация.
В Африке южнее Сахары в 1-м тысячелетии до н. э. повсеместно распространяется металлургия железа. Здесь не сложилось культуры бронзового века, и произошёл непосредственный переход от неолита к железному веку. Культуры железного века распространяются как на западе (Нок), так и на востоке (северо-восточная Замбия и юго-западная Танзания) Тропической Африки. Распространение железа способствовало освоению новых территорий, прежде всего — тропических лесов, и стало одной из причин расселения по большей части Тропической и Южной Африки народов, говорящих на языках банту, оттеснивших к северу и югу представителей эфиопской икапоидной рас.
Очаги цивилизаций Тропической Африки распространялись в направлении с севера на юг (в восточной части континента) и отчасти с востока на запад (особенно в западной части) — по мере удаления от высоких цивилизаций Северной Африки и Ближнего Востока. Большинство крупных социокультурных общностей Тропической Африки имели неполный набор признаков цивилизации, поэтому точнее они могут быть названы протоцивилизациями. С конца III века н. э. в Западной Африке в бассейнах Сенегала и Нигера развивается западносуданская (Гана), с VIII-IX века — центральносуданская (Канем) цивилизации, возникшие на базе транссахарской торговли со странами Средиземноморья.
После арабских завоеваний Северной Африки (VII век) арабы надолго стали единственными посредниками между Тропической Африкой и остальным миром, в том числе через Индийский океан, где господствовал арабский флот. Под арабским влиянием появляются новые городские цивилизации в Нубии, Эфиопии и Восточной Африке. Культуры Западного и Центрального Судана слились в единую западноафриканскую, или суданскую, зону цивилизаций, простиравшуюся от Сенегала до современной Республики Судан. Во 2-м тысячелетии эта зона была объединена политически и экономически в мусульманских империях: Мали (XIII-XV век), которой подчинялись мелкие политические образования народов фульбе, волоф, серер, сусу и сонгай (Текрур, Джолоф, Син, Салум, Кайор, Coco и др.), Сонгай (середина XV — конец XVI века) и Борну (конец XV — начало XVIII века) — преемника Канема. Между Сонгай и Борну с начала XVI века усиливались хаусанские города-государства (Даура, Замфара, Кано, Рано, Гобир, Кацина, Зария, Бирам, Кебби и др.), к которым в XVII веке от Сонгай и Борну перешла роль главных центров транссахарской торговли.
К югу от суданских цивилизаций в 1-м тысячелетии н. э. складывается протоцивилизация Ифе, ставшая колыбелью цивилизации йоруба и бини (Бенин, Ойо). Её влияние испытали дагомейцы, игбо, нупе и др. К западу от неё во 2-м тысячелетии сформировалась акано-ашантийская протоцивилизация, расцвет которой пришёлся на XVII — начало XIX века.