Определить, к какому полу принадлежат ящерицы, в случае присущего им полового диморфизма, обычно не составляет труда. Главной отличающей чертой самцов таких ящериц, как зеленые игуаны, василиски, парусные ящерицы и водяные агамы является гребень, расположенный на спине и голове. У многих хамелеонов-самцов на голове, как правило, располагаются кожные выросты. А у некоторых ящериц-самцов есть пяточные шпоры. Например, игуаны мужского пола являются обладателями гортанных лоскутов. Еще одной отличительной чертой самцов, принадлежащих к этому виду, могут быть чешуйки расположенные сзади клоаки, которые обычно увеличиваются в 2 раза. Самцы гекконов обладают преанальными порами, обычно область, расположенная вокруг клоаки, у них расширена.
В то же время не всегда перечисленные признаки принадлежности к полу могут быть ярко выражены. Существует в природе немалое количество видов ящериц, по внешним данным которых невозможно определить пол.