Молекула - это мельчайшая частица вещества, сохраняющая все химические свойства этого самого вещества.
Молекула может существовать самостоятельно.
Молекулы состоят из атомов.
Атом - это мельчайшая неделимая частица вещества. При этом под "неделимая", подразумевается неделимая химическими способами.