По способу питания жгутиковые делятся на три группы:
автотрофные организмы, синтезирующие органические вещества (углеводы) за счет энергии солнечного света, т. е. питающиеся как настоящие растения (все окрашенные жгутиковые);
гетеротрофные организмы, использующие органические вещества, которые уже созданы другими организмами (бесцветные жгутиковые);
миксотрофные организмы, обладающие смешанным типом питания, они способны к фотосинтезу, но питаются также и органическими веществами, поглощая бактерии и других простейших путем фагоцитоза (эвглена зеленая).