Общественное развитие России XVII в. значительно ускорилось. Страна вышла из кризиса, связанного со Смутой. В экономике и культуре отмечался неуклонный подъем. Росло число грамотных людей, Россия установила более тесные контакты с Западом, стали распространяться европейские философские учения. В городах появились новые ереси, росло недовольстве народа церковной политикой. Низкий моральный уровень духовенства (пьянство, невежество, мздоимство и др.) в то время был обычным явлением. Дошло до того, что церковные иерархи стали настоящими ростовщиками. Сам патриарх Иосиф грешил финансовыми операциями: после его смерти в 1652 г. нашли огромную по тем временам сумму (13 400 руб.) нигде не учтенных денег и еще много ценностей в виде залогов. Иосиф и многие из его окружения не стеснялись давать в долг, нередко при этом путали церковную казну с собственным келейным добром. Каков поп — таков и приход: отсюда понятно, почему в обществе отмечались те же пороки, а прихожане не хотели посещать богослужения, переходя в различные секты.
Государственная власть была обеспокоена положением в церкви. Еще в середине XVII в. вокруг царя сложился кружок "ревнителей благочестия" (протопопы Аввакум, Степан Вонифатьев, Иван Неронов, Федор Ртищев). Для унификации обрядов и церковных книг были приглашены славянские ученые, которые выявили принципиальные различия в официальном греческом и русском православии. Уже тогда проявились противоречия между "ревнителями благочестия" и "грекофилами". Последние настаивали на том, что креститься следует тремя пальцами, а также привести в соответствие с канонами иконы и богослужебные книги и заменить земные поклоны поясными (в противном случае назревал разрыв между русской и иными православными церквями). Сторонники "благочестия", наоборот, требовали следовать исконным обрядам, называя греческие образцы униатскими.
Алексей Михайлович оказался в числе сторонников реформы церкви по греческому образцу, его поддержал ставший патриархом Никон.
Никон (1605—1681) был незаурядной личностью. Родом из крестьян, он достиг вершин в духовной карьере, при поддержке царя, став Патриархом Московским и всея Руси (1652). Вскоре началась церковная реформа и последовавший за ней раскол. Циркуляром 1653 г. патриарх предписал приступить к реформе, начались репрессии против сторонников "старой веры". В кружке бывших единомышленников — "ревнителей благочестия" произошел раскол. Протопоп Аввакум отверг нововведения, став "старообрядцем", он олицетворял движение сторонников старой веры — "раскольников".
Никон возглавил официальное, реформаторское направление церкви, в 1654 г. он созвал Церковный Собор и заручился поддержкой царя (Алексей Михайлович во многом доверял патриарху). На Соборе Никон выступил с радикальных позиций: для укрепления своей церковной власти он не стал предпринимать попыток к примирению сторон, противники Никона подверглись гонениям. После Собора Никон интерпретировал в свою пользу ответ на реформы Греческого патриарха (1655) и консультации главы Антиохийской церкви. Заручившись поддержкой царя, Никон сконцентрировал в своих руках всю полноту церковной власти, для чего в 1655 и 1658 г. созывались соборы. Уже тогда поведение патриарха по отношению к царю предвещало разногласия в вопросе о власти. Однако тактичный Алексей Михайлович (Тишайший) избегал скандала.