Потому, что выполнение белками их различных функций зависит от этих самых пространственных конфигураций, в которых находятся их молекулы. А еще белкам просто невыгодно в энергетическом плане их содержать "неуложенными", в развернутой форме.
Если же их структуры отклоняются от нормы, то белки не смогут выполнять свои функции. Не все, но некоторые такие "отклонившиеся" белки провоцируют тяжелые заболевания.
Например, такими белками являются прионы, у которых аномальна третичная структура, да еще она и нуклеиновых кислот не содержит. Прионы виновны в развитии, к примеру, болезни Крейцфельдта-Якоба.