Передний мозг становится значительно крупнее среднего, четко обособляются оба полушария, на их поверхности появляется тонкая кора головного мозга, состоящая из серого вещества. В сравнении с земноводными, у пресмыкающихся мозжечок развит сильнее. Это связано с более подвижным образом жизни и значительным разнообразием их движений.