Корневая система представлена у лилий корнями трех типов. Луковичные базальные и луковичные втягивающие (контрактильные) корни образуются на донце. Они существуют 2-3 года и отмирают вместе с участком донца. Благодаря контрактильным корням луковица углубляется в почву, а иногда смещается в сторону. Поэтому, выкапывая растения, которые 4-5 лет растут на одном месте, помните, что луковица может оказаться глубже точки посадки или немного в стороне от нее.