В 1909 году в отношениях между Николаем II и П. А. Столыпиным произошёл перелом. «Правые» Государственного совета извлекли из кучи законодательной вермишели проект штатов Морского генерального штаба и подняли скандал, доказывая, что Дума и П. А. Столыпин вторгаются в военную область, которая по закону входит в исключительную компетенцию царя. Это звучало тем более убедительно, что одновременно протекал Боснийский кризис, в разрешении которого П. А. Столыпин принимал активное участие, стараясь не допустить войны. Между тем внешняя политика тоже входила в исключительную компетенцию царя. Вернувшись в Петербург, П. А. Столыпин заговорил об отставке. 25 апреля 1909 года он получил от царя письмо, поставленное в жёсткой форме: «Такова моя воля. Помните, что мы живём в России, а не за границей… и поэтому я не допускаю и мысли о чьей-либо отставке» 20.
Примерно в это же время П. А. Столыпин переехал из Зимнего дворца на Фонтанку, в свою постоянную резиденцию. «Мой авторитет подорван, - говорил он в частной беседе, - меня продержат, сколько будет надобно, чтобы использовать мои силы, а потом выбросят за борт» 21.
При дворе в те годы постепенно набирал силу Г. Е. Распутин. Докладывая царю о его похождениях, П. А. Столыпин давал понять, что в обществе начинаются толки и предрассудки, а потому с Г. Распутиным лучше расстаться. Николай II на это однажды ответил: «Я с Вами согласен, Пётр Аркадьевич. Но пусть лучше десять Распутиных, чем одна истерика императрицы» 22.
Николай II перестал поддерживать столыпинский курс реформ не потому, что боялся остаться в тени, как считали многие, а потому, что интуитивно чувствовал, что несмотря на искренние убеждения П. А. Столыпина в необходимости укрепления самодержавия как главного инструмента преобразовательного процесса, в «столыпинской России» самодержавная власть станет ненужным атрибутом, потеряет не только политическое, но и духовное обоснование.