Все самые простые принадлежат к еукариот, их клетки имеют оформленное ядро. От окружающей среды клетка отмежевана клеточной мембраной, которая выполняет барьерную и защитную функции. В цитоплазме различают два слоя: эктоплазму (внешний) и эндоплазму (внутренний). К органеллам, типичным для еукариотичных клеток, принадлежат митохондрии, эндоплазматический ретикулум, рибосомы, аппарат Гольджи, лизосомы, ядро.
На сегодня описано свыше 30 тыс. видов самых простых. В подцарстве самые Простые выделяют такие типы: Саркомастигофори, Саркодовые, Споровики, Инфузории.
Как и всем живым организмам, самым простым присущая раздражимость - способность реагировать на разные изменения окружающей среды.