Традиционной является датировка храма по Н. Н. Воронину — 1165 год, основанная на сообщении Жития Андрея Боголюбского, что церковь Покрова на Нерли была построена в память о погибшем сыне великого князя Изяславе Андреевиче[1]. Современные исследователи С. В. Заграевский[2] и Т. П. Тимофеева[3] на основании летописной информации обосновывают более раннюю дату храма — это 1158 год.
Согласно Лаврентьевской летописи, строительство при князе Андрее вели «из всех земель мастеры». Татищев уточняет в «Истории Российской», что «мастеры же присланы были от императора Фридерика Первого, с которым Андрей в дружбе был…» (имеется в виду Фридрих Барбаросса).
Церковь освящена в честь праздника Покрова Богородицы, установленного на Руси в середине XII века по инициативе Андрея Боголюбского. Вероятно, это первая церковь Покрова на Руси[источник не указан 1325 дней].
По легенде, содержавшейся в Житии Андрея Боголюбского, белый камень для постройки церкви был вывезен из покорённого Андреем Боголюбским Булгарского царства. Однако эта легенда опровергается как историческими фактами, так и результатами петрографических анализов белого камня, использовавшегося для строительства церкви[4].
В 1784 году из-за низкой доходности Покровской церкви игумен Боголюбова монастыря (к которому она была приписана) пытался разобрать храм на строительный материал для возведения монастырской колокольни, однако недостаток средств не позволил начать работы[5].