Сходства: бесполое размножение, реже половое (у простейших), могут проживать в водоемах (простейшие), покрыты известью (раковинные амебы - простейшие), некоторые имеют жгутики (евглена зеленая - простейшие)
Различия: простейшие - одноклеточные, губки - многоклеточные, внешний вид, живут прикрепившись к субстрату (губки), выполняют роль фильтров (губки), в основном паразиты (простейшие).