Первооткрыватель реки землепроходец Пенда в 1619-1623 гг. зафиксировал ее название в форме Елюенэ, которая в русском употреблении закрепилась как Лена.
Гидроним Елюенэ обычно объясняют как эвенкийское 'большая река', но само эвенкийское название было воспринято Пендой со значительным искажением. Исходным было эвенкийское слово йэнэ, сохранившееся в эвенкийском фольклоре и в некоторых говорах эвенков со значением 'очень большая река'. Но изучение эвенкийских говоров показало, что начальному "и" одних говоров закономерно соответствует начальное "л" в других, что дает варианты Йэнэ/Лэнэ и далее Линэ, превратившееся в русское Лена, т. е. русское Лена ближе к оригиналу, чем форма, сообщенная Пендой.