Красные водоросли- основным пигментом хлоропластов является хлорофилл. Кроме того, у красных водорослей имеются каротиноиды и фикобилины в фикобилисомах.
Бурые водоросли в хроматофорах содержат бурый пигмент фукоксантин (C40H56O6), который маскирует остальные пигменты.
Зеленые водоросли - обладают чисто-зелёным цветом своих слоевищ, сходным с окраской высших растений и вызванным преобладанием хлорофилла над другими пигментами.