В состав эктодермы и энтодермы гидры входит несколько типов клеток, различающихся по выполняемым функциям. Наружный слой клеток (эктодерма) выполняет функцию покровов тела. Его основу составляют эпителиально-мускульные клетки с двумя длинными отростками в основании, ориентированными параллельно продольной оси тела. Между ними расположены стрекательные клетки, играющие главную роль в защите от хищников и обездвиживании жертвы. В эктодерме находятся и промежуточные клетки, способные превращаться в клетки любого другого типа. Нервные клетки также расположены в эктодерме. Их длинные отростки формируют нервное сплетение на границе эктодермы и мезоглеи – бесструктурного вещества, разделяющего наружный и внутренний слои тела гидры. Внутренний слой (энтодерма) играет главную функцию в переваривании пищи. Его основу составляют пищеварительно-мускульные клетки, также имеющие два длинных отростка в основании. Однако в отличие от клеток эктодермы они ориентированы перпендикулярно продольной оси тела гидры. Кроме этого каждая пищеварительно-мускульная клетка имеет два жгутика и способна образовывать ложноножки. Кроме них в состав энтодермы входят железистые клетки, выделяющие различные ферменты, благодаря которым происходит полостное пищеварение.