он не должен отсутствовать, он просто отсутствовал, ведь это активный окислитель и немедленно вступал в реакцию с молодыми породами земной коры. даже после появления кислородовыделяющих растений, он длительное время не накапливался, полностью связывался. и только после того как окислил все что только возможно, он начал накапливаться.
Можно подвести много разных причин, самая простая - ему неоткуда было взяться, т. к. это окислитель и он будет "съеден" породами на поверхности в геологически короткий срок. А небиологического пути его выброса в атмосферу не обнаружено.