Кукушкин лён размножается побегами, спорами и гаметами (половыми клетками). Из зиготы развиваются короткоживущие побеги, состоящие из ножки и коробочки (спорангия). Гаметофит — многолетний зелёный побег с листоподобными выростами и корнеподобными выростами (ризоидами).