Накапливающееся подспудно недовольство к церкви выплеснулось главным образом в 1517 г. после выступления Мартина Лютера, в период реформации, которая быстро получила широкое распространение. Ее последствия вышли за рамки религиозности.
В движение пришла вся социальная структура. В 1522/23 гг. началось восстание имперского рыцарства, в 1525 году - Крестьянская война, первые крупные революционные движения в германской истории, которые объединили политические и социальные устремления. Оба восстания потерпели неудачу или были жестоко подавлены. Выгоду от этого получили только территориальные князья.
После изменчивой борьбы по Аугсбургскому религиозному миру 1555 г. они получили право определять религию своих подданных. Протестантское вероисповедание стало равноправным с католическим. Тем самым завершился религиозный раскол Германии. На императорском престоле в период Реформации восседал Карл V (1519-1556), который по наследству стал властителем крупнейшей в мире империи со времен Карла Великого.
Он был слишком занят отстаиванием своих интересов в мировой политике ипотому не смог проявить себя в Германии. После его отречения от престола был осуществлен раздел мировой империи. Из германских территориальных и западноевропейских национальных государств возникла новая система европейских государств.
В период Аугсбургского религиозного мира Германия на четыре пятых была протестантской. Но религиозная борьба еще не закончилась. В последующие десятилетия католическая церковь вновь сумела отвоевать многие области (антиреформация). Обострилась непримиримость верований. Были созданы религиозные партии, протестантская уния (1608) и католическая лига (1609).
Местный конфликт в Богемии послужил поводом для Тридцатилетней войны, которая с течением лет превратилась в общеевропейскую, где сталкивались и политические, и конфессиональные противоречия. При этом в период между 1618 и 1648 годами обширные части Германии были опустошены и обезлюдели. По Вестфальскому миру 1648 года Франция и Швеция отторгли от Германии ряд территорий. Он подтвердил выход Швейцарии и Голландии из имперского союза.
Имперским сословиям он предоставлял все основные суверенные права в духовных и мирских делах и позволял им заключать союзы с иностранными партнерами