Очень богат на Большом Барьерном рифе состав ихтиофауны - здесь насчитывается около 1500 видов морских рыб. Однако из них около 500 видов можно считать истинно рифовыми рыбами, которые более или менее массово встречаются здесь, и которые максимально приспособлены к жизни именно в этой экосистеме.
По экзотичности пестроте и яркости раскраски и многочисленности видов и форм с царством коралловых рыб не сравнится ни одна другая экосистема. Лишь малую толику этого многоцветья можно увидеть в морских аквариумах зоопарков, но и оно нас поражает. Все полторы тысячи представителей ихтиофауны кормятся в подводных чащах на Большом Барьерном рифе, омываемых теплыми водами Кораллового моря. Названия многих коралловых рыб говорят сами за себя: рыба-бабочка, губан, рыба-клоун, скалозуб, рыба-попугай, морская собачка, еж-рыба, кардинал и даже... рыба-муха. А кроме них водятся здесь морские окуни и мурены, скаты и акулы, груперы и морские щуки и многие другие представители рыбьего царства. В районе Большого Барьерного рифа обитает и крупнейшая рыба на земле — китовая акула. На рифах можно встретить множество видов кузовков, мурен и многих других.