За 15 лет работы им было произведено 12000 вскрытий трупов. Пирогов возглавлял кафедру госпитальной хирургии Медико-хирургической академии, участвовал в создании первого в России Анатомического института .Пирогов изучал анатомию кровеносных сосудов нервов, мышц и фасций ,топографию внутренних органов.