С прописной буквы пишутся все слова в названиях высших законодательных судебных и исполнительных органов власти Российской Федерации - Совет Безопасности Российской Федерации;
С прописной буквы пишется первое слово и имена собственные в названиях федеральных органов исолнительной власти - Министерство иностранных дел Российской Федерации;