Самка откладывает яйца в песок на отмели или зарывает в гнездо из грязи и гниющей листвы. Число яиц в кладке колеблется от 20 до 100. Самки ряда видов остаются возле кладки, охраняя яйца от врагов. Молодые крокодилы еще внутри яиц, ко времени вылупления издают квакающие звуки, и мать раскапывает кладку, помогая потомству выбраться. Все яйца вылупляются одновременно.
Крокодилы откладывают яйца величиной с куриные или гусиные, покрытые известковой скорлупой. Одни виды закапывают яйца в песок, другие откладывают в гнезда, сделанные самкой из гниющей растительности.