Принцип комплемента́рности в химии, молекулярной биологии и генетике обозначает взаимное соответствие молекул биополимеров или их фрагментов, в результате которого происходит образование связей между комплементарными фрагментами молекул или их структурных фрагментов (например, образование водородных связей или гидрофобных взаимодействий)