Же через несколько лет после того, как началось наступление протестантизма, католическая церковь предприняла ответное наступление, вошедшее в историю под названием Контрреформации. Первым его актом явилась организация ордена иезуитов .
Большую поддержку иезуиты оказали папе в ходе Тридентского собора, который продолжался в течение 18 лет в условиях ожесточенной борьбы не только с протестантизмом, но и с соглашательским позициями внутри самого католицизма. Решения, принятые собором, подтверждали прежние догматические и культовые позиции католицизма. В то же время было признано, что для успешной борьбы с наступлением протестантизма недостаточно одних угроз и запретов, необходимо повысить общую грамотность и религиозную образованность духовенства за счет создания системы католического образования. Было принято решение об издании для малограмотной паствы катехизиса веры, т. е. краткого и сжатого изложения основ католической веры в виде вопросов и ответов.
В условиях возникновения и укрепления в Европе централизованных абсолютистских монархий папство уже не могло претендовать на значение политического центра, оно вынуждено было переориентироваться и отказаться от претензий на светское господство, оставив себе лишь роль духовного повелителя Вселенной. Для осуществления этой роли в 1543 г. было объявлено, что ни одна книга в дальнейшем не может быть опубликована без разрешения католической инквизиции. Вскоре стали появляться списки запрещенных церковью книг. Первый «Индекс запрещенных книг» был опубликован в 1559 г. Его выпуск сохранялся вплоть до 1948 г. В 1542 г. была учреждена новая, еще более ужасная форма инквизиции, направленная против протестантизма.
На протяжении двух веков Западная Европа была охвачена огнем религиозных войн. В результате мер, предпринятых католической церковью, ей удалось предотвратить беспрепятственный натиск протестантизма, который победил в основном в Скандинавии, Северной Германии, Нидерландах и Швейцарии, на Британских островах и в Северной Америке. Оплотом католицизма остались Италия, Испания, Франция, Австрия и некоторые другие государства.