Возведен в 1555-1561 гг. на Красной площади у каменной Троицкой церкви "на рву" 1553 г. зодчими Бармой и Постником Яковлевым как храм-памятник в честь покорения Иваном IV Казани в 1552 г. и во славу павших при этой битве воинов (Троицкая церковь вошла в состав нового храма). У его стен похоронен популярный в народе в те времена юродивый Василий Блаженный, и над гробом его в северо-восточном углу храма в 1588 г. был устроен придел, давший имя собору, более употребительное, чем его основное название.
Первоначально строителям было предложено соорудить храм Покрова с семью приделами (не считая Троицкого) во имя тех святых, память которых отмечалась в дни основных этапов завоевания Казани. Так, 30 августа, в день трех патриархов александрийских Павла, Александра и Иоанна (северо-восточный придел) был разгромлен большой отряд татарской конницы князя Япанчи; 30 сентября, в день памяти Григория Армянского (северо-западный придел) произошло взятие Арской башни и крепостной стены города; 1 октября, в день Покрова начался решительный штурм; 2 октября, в день Киприана и Устиньи, северный придел русские окончательно овладели Казанью и т.д.), а также тех святых, которые имели определенное отношение к царствующей династии (как полагают, например, некоторые исследователи, посвящение юго-западного придела Варлааму Хутынскому связано с почитанием памяти Василия III, который, приняв перед смертью постриг, стал носить имя Варлаама. Но ради симметрии плана зодчие отступили от наказа и ввели восьмой придел, который был посвящен эпизоду земной славы Христа - входу в Иерусалим, вызывавшему ассоциации с торжественным вступлением русского войска в Москву после казанского похода под предводительством Ивана IV.