Религиозный фанатизм и нетерпимость, насаждавшиеся Испанией совместно с папством, сковывали духовную жизнь Италии. Филипп II Испанский пытался ввести в подчиненных ему областях Италии испанскую инквизицию, всецело зависевшую от короля, полагая, что ее деятельность «поможет более успешно, нежели что-либо другое, держать в узде подданных». Однако упорное сопротивление народных масс помешало ему установить инквизицию в Ломбардии и Неаполитанском королевстве, она была учреждена только в Сицилии.
Италия стала первой жертвой начавшейся в 40-х гг. XVI в. общеевропейской католической реакции. В 1542 г. в стране была реорганизована инквизиция, а в Риме создан верховный инквизиционный трибунал с беспощадным кардиналом Караффой (будущим папой Павлом IV) во главе. Инквизиционные суды создавались в разных центрах Италии. Тем сторонникам Реформации, кто не успел спастись бегством в другие страны, грозили суровые кары, вплоть до сожжения на костре.
В 1559 г. Павлом IV был издан первый «индекс запрещенных книг»; в дальнейшем этот индекс периодически переиздавался и пополнялся крупнейшими произведениями человеческой мысли, «еретическими» с точки зрения церкви (в него входили 510
книги Боккаччо, Макьявелли и др.). За чтение этих книг грозили наказания, сами книги сжигались. Цензура была передана в руки инквизиторов. Огромное влияние на духовную и политическую жизнь страны приобрел орден иезуитов, считавший инквизицию главным орудием уничтожения «видимой и невидимой заразы». С той же целью были образованы другие монашеские ордена — капуцинов, театинцев. В результате реформационные и еретические движения были искоренены. Церковь вступила в борьбу также с прогрессивными деятелями эпохи Возрождения. Многие передовые мыслители и крупнейшие ученые погибли на костре. В 1600 г. в Риме был сожжен Джордано Бруно, по приговору инквизиционного трибунала Галилео Галилей был объявлен «узником инквизиции».